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Pompolani, Anna (2010) Modelli della regolazione genica nel lievito. [Laurea specialistica biennale]

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Abstract

In risposta ad uno stimolo le cellule modificano l’espressione genica per adattarsi alle nuove condizioni. Dai dati sperimentali si è notato (Gasch et al. 2000) che un elevato numero di geni del S. Cerevisiae risponde con un andamento stereotipato che è stato definito Environmental Stress Response (ESR) caratterizzato da un rapido picco iniziale seguito dal ritorno al livello basale. Utilizzando i dati di espressione genica è stato dimostrato (Altafini et al. 2009) che è possibile descrivere in modo qualitativo il pattern ESR con un modello “feedback-integrativo” in cui un aumento nell’abbondanza di una certa proteina sfavorisce la trascrizione del corrispondente gene. Durante il lavoro di tesi è stato definito un modello diverso pensando che la regolazione del gene avvenga ad opera dell’azione combinata di altri due geni secondo il meccanismo descritto dal “feed-forward loop” che è uno dei pattern di interconnessione significativamente frequenti all’interno delle reti reali. Sono stati implementati i due modelli in ambiente Matlab e ne è stata fatta l’identificazione parametrica usando i dati di espressione di un set di geni del lievito caratterizzati dalla tipica risposta allo stress. Ci si è posti come obiettivo quello di capire quale dei modelli descriva meglio il profilo considerato

Item Type:Laurea specialistica biennale
Corsi di Laurea specialistica biennale:Facoltà di Ingegneria > Bioingegneria
Uncontrolled Keywords:models, gene network, gene regulation, computational genomics
Subjects:Area 09 - Ingegneria industriale e dell'informazione > ING-INF/06 Bioingegneria elettronica e informatica
Codice ID:25140
Relatore:Toffolo, Gianna Maria
Data della tesi:13 July 2010
Biblioteca:Polo di Ingegneria > Biblioteca di Ingegneria dell'Informazione e Ingegneria Elettrica "Giovanni Someda"
Tipo di fruizione per il documento:on-line per i full-text
Tesi sperimentale (Si) o compilativa (No)?:Yes

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