Abstract

La tesi è strutturata in cinque capitoli: nel capitolo 1 viene introdotto il problema del protein docking. Vengono descritti i possibili approcci al problema e fornita una panoramica sugli attuali algoritmi utilizzati. Infine vengono presentati gli obbiettivi del progetto. Il capitolo 2 descrive le superfici molecolari delle proteine, le loro rappresentazioni e lo strumento software PyMol, utilizzato per generare la superficie di Connolly. Il capitolo 3 espone nei dettagli i metodi utilizzati per la realizzazione delle sezioni bidimensionali della proteina e la rappresentazione in coordinate curvilinee delle stesse. Nel capitolo 4 viene descritto il metodo e la metrica utilizzata per la ricerca della complementarietà tra due sezioni. Nel capitolo 5 vengono presentati i risultati del metodo utilizzato. Infine l’elaborato termina con le conclusioni del lavoro eseguito, dando spazio alle considerazione sorte a posteriori