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Cappelleri, Vincenzo Maria (2011) Towards locality aware de novo dna assembly of short reads in colour space. [Magistrali biennali]

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Abstract

This thesis presents a new approach towards de novo DNA assembly for short reads. Its two main contributions are a novel, robust filtering scheme for noisy reads that outperforms the (accuracy of the) widely used Sasson’s filter, and a novel assembly algorithm that, minimizing space and maximizing locality of accesses, runs faster than all state-of-the-art algorithms even when on substantially cheaper hardware

Item Type:Magistrali biennali
Corsi di Diploma di Laurea:Scuola di Ingegneria > Ingegneria Informatica
Scuola di Ingegneria > Ingegneria Informatica
Additional Information:Embargo per motivi di priorità nella ricerca (previo accordo con terze parti)
Uncontrolled Keywords:DNA, SOLiD, colour, filter, Sasson, assembly, de novo, Velvet, Abyss, locality, hash, memory
Subjects:Area 09 - Ingegneria industriale e dell'informazione > ING-INF/05 Sistemi di elaborazione delle informazioni
Codice ID:37662
Relatore:Peserico, Enoch
Correlatore:Bogo, Federica and Satta, Giorgio
Data della tesi:13 December 2011
Biblioteca:Polo di Ingegneria > Biblioteca di Ingegneria dell'Informazione e Ingegneria Elettrica "Giovanni Someda"
Tipo di fruizione per il documento:on-line per i full-text

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