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Fortunati, Nicola (2012) Approcci teorico/computazionali per l'interpretazione di dinamiche molecolari 50-500 ns in proteine. [Laurea specialistica biennale]

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Abstract

In questo lavoro di tesi è presentata una serie di metodologie teoriche e computazionali per il calcolo di proprietà diffusive di proteine (globulari e non), in particolare del tensore di diffusione rotazionale. I metodi impiegati sono basati sul formalismo delle equazioni stocastiche a molti corpi, che negli ultimi quarant’anni è stato applicato con successo all’interpretazione di numerose osservabili in fase liquida, quali: spettroscopie, processi di trasferimento di carica, studi di reattività chimica. L’approccio seguito in questa Tesi prevede l’impiego di simulazioni di dinamica molecolare (MD) per parametrizzare i modelli stocastici allo scopo di ottenere informazioni a tempi lunghi del sistema studiato (ad es. per riprodurre osservabili di tipo spettroscopico). Dopo una presentazione del formalismo fisico-matematico che certifica le simulazioni MD come uno strumento valido in questo campo d’indagine, il lavoro si concentra sullo studio del tensore di diffusione rotazionale di proteine globulari esplorando tre approcci di natura differente: due basati sull’analisi di funzioni di autocorrelazione (del momento angolare globale della proteina e di appropriate funzioni di Wigner) calcolate dalla traiettoria MD e uno basato su un approccio di tipo idrodinamico. Infine, il lavoro si concentra sullo studio della dinamica rotazionale della Calmodulina, proteina non globulare costituita da due domini rigidi collegati da un linker flessibile. In questo caso s’impiega un modello stocastico a due corpi, parametrizzato da calcoli idrodinamici (tensori di diffusione rotazionali) e simulazioni MD (potenziale di campo medio), per il calcolo ab-initio tempi di correlazione rotazionale dei due domini.

Item Type:Laurea specialistica biennale
Corsi di Laurea specialistica biennale:Facoltà di Scienze MM. FF. NN. > Chimica
Uncontrolled Keywords:Dinamica molecolare; proteine; modellistica molecolare; simulazione computationale; chimica fisica; chimica teorica; biochimica; equazioni stocastiche; osservabile spettroscopica; tensore diffusione rotazionale.
Subjects:Area 03 - Scienze chimiche > CHIM/02 Chimica fisica
Area 05 - Scienze biologiche > BIO/10 Biochimica
Codice ID:39669
Relatore:Polimeno, Antonino
Data della tesi:29 March 2012
Biblioteca:Polo di Scienze > Dip. di Scienze Chimiche - Biblioteca
Collocazione:Tesi 3722
Tipo di fruizione per il documento:consultazione / riproduzione
Tesi sperimentale (Si) o compilativa (No)?:Yes

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