Abstract

Si è analizzato il problema della classificazione delle sequenze proteine mediante SVM, utilizzando gli string kernel.Sono stati sviluppati l’Approximate Mismatch Kernel e il kernel combinatorio con ordine. Si è implementato un algoritmo che permette il loro calcolo in tempo lineare ammortizzato. La complessità temporale è indipendente dai parametri dei kernel. Si sono studiate le prestazioni della classificazione al variare dei parametri di lunghezza tuple e numero di mismatch ammessi