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Fracasso, Giulio (2014) Genome composition with mismatches and its application to phylogeny. [Magistrali biennali]

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Abstract

A novel approach for inferring phylogeny on a group of taxa. This is an alignment-free approach which considers the mutual occurrences of l-mers with at most k mismatches between a pair of DNA sequences in order to define a distance the species. This techinque, though quadratic in the average size of the sequences in time, leads to reliable phylogenetic trees. Tests have been performed on a mitochondrial DNA dataset and a retroid viruses dataset with optima results

Item Type:Magistrali biennali
Corsi di Diploma di Laurea:Scuola di Ingegneria > Ingegneria Informatica
Scuola di Ingegneria > Ingegneria Informatica
Uncontrolled Keywords:l-mer, mismatches, phylogeny, tree, alignment-free
Subjects:Area 09 - Ingegneria industriale e dell'informazione > ING-INF/05 Sistemi di elaborazione delle informazioni
Codice ID:45670
Relatore:Pizzi, Cinzia
Data della tesi:15 April 2014
Biblioteca:Polo di Ingegneria > Biblioteca di Ingegneria dell'Informazione e Ingegneria Elettrica "Giovanni Someda"
Tipo di fruizione per il documento:on-line per i full-text
Tesi sperimentale (Si) o compilativa (No)?:Yes

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