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Mastrorilli, Eleonora (2014) Diversity indices and normalization approaches in microbiome studies. [Magistrali biennali]

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Abstract

This thesis explores human microbiota, by investigating how to consistently measure biodiversity, both within and between different body sites, and how to correctly compare and normalize samples. In this work we propose a new method, called zero imputation, that tries to account for data sparsity; it proves to outperform common normalization approaches in recovering true data richness and relative abundances. We also develop a microbiome data simulator, useful to test all the methods reviewed

Item Type:Magistrali biennali
Additional Information:Embargo per motivi editoriali
Uncontrolled Keywords:microbiome, NGS, normalization, biodiversity
Subjects:Area 09 - Ingegneria industriale e dell'informazione > ING-INF/06 Bioingegneria elettronica e informatica
Codice ID:47171
Relatore:Di Camillo, Barbara
Data della tesi:09 December 2014
Biblioteca:Polo di Ingegneria > Biblioteca di Ingegneria dell'Informazione e Ingegneria Elettrica "Giovanni Someda"
Tipo di fruizione per il documento:on-line per i full-text
Tesi sperimentale (Si) o compilativa (No)?:Yes

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