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Rizzardi, Alberto (2018) Costruzione efficiente di overlap graph mediante FM-index per il metagenomic binning. [Magistrali biennali]

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Abstract

Il metagenomic binnig indica il raggruppamento delle read metagenomiche di specie differenti in cluster prima della ricostruzione del genoma originale. In questa tesi è stato modificato un software per realizzare tale raggruppamento studiando i k-mer condivisi tra le read. In particolare, si utilizzeranno come strumenti di ricerca su stringhe il suffix array, il longest common prefixes, l'FM-index e la Burrows Wheeler transform per ridurre il consumo di memoria RAM.

Item Type:Magistrali biennali
Corsi di Diploma di Laurea:Scuola di Ingegneria > Ingegneria Informatica
Scuola di Ingegneria > Ingegneria Informatica
Uncontrolled Keywords:metagenomic binning
Subjects:Area 09 - Ingegneria industriale e dell'informazione > ING-INF/05 Sistemi di elaborazione delle informazioni
Codice ID:60820
Relatore:Comin, Matteo
Data della tesi:10 July 2018
Biblioteca:Polo di Ingegneria > Biblioteca di Ingegneria dell'Informazione e Ingegneria Elettrica "Giovanni Someda"
Tipo di fruizione per il documento:on-line per i full-text
Tesi sperimentale (Si) o compilativa (No)?:Yes

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